GDIS(Graphical Display Interface for Structures)

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

• Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
• Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
• Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
• Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
• Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
• Pola difraksi generasi dan merencanakan.
• Animasi multi-frame file.
• Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Add atoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilih Display pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda. :)

Menggunakan Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikon measurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :

Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka pada label list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.

Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation maka akan muncul tampilan berikut:

Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar..  :)

Inilah Sekilas Penjelasan mengenai tutorial aplikasi GDIS.. Semoga dapat bermanfaat untuk anda..

Terimakasih :)

Read More

Gabedit

Gabedit adalah antarmuka pengguna grafis untuk paket kimia komputasi seperti Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem.

Hal ini dapat menampilkan berbagai hasil perhitungan termasuk dukungan untuk sebagian besar format file utama molekul. The “Molekul Builder” canggih memungkinkan untuk cepat sketsa dalam molekul dan memeriksa mereka di 3D. Grafik dapat diekspor ke berbagai format, termasuk animasi.

Fitur-fitur utama

• Gabedit dapat Membuat file input untuk GAMESS (AS), GAUSSIAN, Molcas, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem.
• Gabedit grafis dapat menampilkan berbagai Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess, Q-Chem, (sebagian) ErgoSCF dan (sebagian) ADF hasil perhitungan, termasuk yang berikut
• Molecular orbital.
• Permukaan dari kerapatan elektron, potensial elektrostatik, NMR kepadatan perisai, dan properti lainnya.
• Permukaan dapat ditampilkan dalam mode jala padat, tembus dan kawat. mereka dapat colorcoded oleh properti terpisah.
• Kontur (colorcoded), Pesawat colorcoded, Dipole. XYZ sumbu dan sumbu utama molekul.
• Animasi dari mode normal sesuai dengan frekuensi getaran.
• Animasi rotasi geometri, permukaan, kontur, pesawat colorcoded, xyz dan sumbu utama molekul.
• Animasi kontur, Animasi pesawat colorcoded.
• Gabedit dapat menampilkan spektrum UV-Vis, IR dan Raman dihitung.
• Gabedit dapat menghasilkan file Povray untuk geometri (termasuk ikatan hidrogen), permukaan (termasuk permukaan colorcoded), kontur, pesawat colorcoded.
• Gabedit dapat menyimpan gambar di BMP, JPEG, PNG, PPM dan format PS.
• Gabedit otomatis dapat menghasilkan serangkaian gambar untuk animasi (getaran, konvergensi geometri, rotasi, kontur, pesawat colorcoded).
• Simulated Annealing dengan Dinamika Molekuler diimplementasikan dalam Gabedit (menggunakan Amber 99 parameter molekul mekanik).

UNTUK MENGINSTAL APLIKASI GABEDIT PADA LINUX ADA 2 CARA YAITU

Menggunakan terminal

1. ketik cd spasi/etc/apt/
2. kemudian sudo gedit sources.list
   akan muncul pasword: paswod ini adalah pasword linux anda( pasword tidak akan terlihat, maka hati-hati memasukan pasword anda)
3. jika anda ingin terhubung dengan repo unnes, ganti http: ……….co.id (yg ada pada masing-masing layar anda) dengan http://repo.unnes.ac.id/repo/(dengan cara mengganti= search kemudian replace)
4. lanjutkan dengan mengetik sudo-apt-get-update
5. ketik sudo apt insatall Gabedit
6. lalu tekan tombol enter

Menggunakan synaptic

1. klik administration
2. kemudian pilih synaptic packed manager
3. pilih science( untuk aplikasi tentang science)
4. ketikkan kata “gabedit” pada kotak searc
5. klik kanan kotak yang masih berwarna putih (mark for installation)
6. klik apply

Demikian terimakasih, semoga dapat bermanfaat :)

Read More

TUTORIAL SOFTWARE BKChem (Edit Chemical Structure and reaction)

BKChem (Edit Chemical Structures and reactions) adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.

Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul , definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).

BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset).

ChemTool, Pengkonversi Mol dan Massa Zat dari ChemPup

ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.

Ini adalah bentuk aslinya.

Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.

Read More

CARA MENGGUNAKAN JMOL

cara menggunakan aplikasi ini dalam linux adalah sebagai berikut:

·        nyambung dulu ke internet

·        install aplikasinya lewat terminal ketik sudo apt-get install jmol

·        setelah proses selesai, cek buka science, kemudian coba gunakan deh…

1. Halaman yang pertama muncul adalah sebagai berikut:
   
2. open the model kit
   
3. Tambahkan model atom dengan cara klik pada bagian atom yang akan ditambahkan
   
4. Untuk mengetahui jarak antar inti atom, dapat dipiih tool yang bergambar penggaris. kemudian klik pada dua atom yang akan diukur jaraknya.
   
5. Pilih menu display,tambahkan bonding box, kemudian untuk melihat atom dari sisi depan,atas ,kanan ataupun kiri caranya pilih menu view. dibawah ini adalah contoh penampakan dari depan.
   
6. Untuk kembali ke bentuk semula bisa pilih tool yang simbonya rumah.
7. Untuk memberi nama masing-masing atom caranya pilih menu display kemudian pilih label dan klik symbol.
   
8. Pilih menu display lagi, tambahkan axes.
   

Read More

Cara Menggunakan Chemical Calculator

Aplikasi GChemCalc adalah kalkulator sederhana untuk kimia. Mem-parsing rumus kimia untuk menghitung rumus baku, berat molekul, komposisi massa dan pola isotop. 

Untuk Mulai GChemCalc :

• Pilih "Chemical kalkulator". Mungkin terdaftar baik dalam kategori Pendidikan atau Ilmu.
• command line
• Jenis gchemcalc [rumus], lalu tekan Kembali. [Formula] singkatan formula kimia opsional

The GChemCalc Jendela mengandung unsur-unsur berikut:

• Menubar
  Menu pada menubar berisi semua perintah yang Anda butuhkan untuk bekerja dengan GChemCalc.
• Entri Formula
  Ini adalah di mana Anda dapat mengetik rumus.
• Hasil
  Tiga baris selanjutnya memberikan formula dimasukkan sebagai diurai oleh GChemCalc, rumus baku dan berat molekul.
• Buku catatan

Halaman pertama dari notebook memberikan analisis sebagai persen massa unsur formula saat ini. Halaman kedua menampilkan pola isotop. Halaman ini tersembunyi ketika formula kosong.

Memasuki rumus

Rumus dapat dimasukkan dari baris perintah, dari GChemPaint, atau langsung di entri rumus. Bila menggunakan entri rumus, ketik formula yang valid seperti dalam contoh berikut:

setelah memvalidasi, jika formula telah berhasil diurai, Pola isotop ditampilkan pada halaman kedua notebook. Anda mendapatkan:

Jika terjadi kesalahan saat parsing formula, kotak pesan akan muncul dan kursor akan pindah masuk ke posisi kesalahan.

Fitur

GChemCalc mendukung kurung dan kurung untuk setiap tingkat diberikan masing-masing cocok seperti dalam contoh berikut:

Singkatan seperti "Ph" untuk substituant fenil yang didukung.
Hal ini juga berlaku untuk singkatan seperti Pr yang mungkin mewakili baik atom praseodymium atau kelompok propil. Tiga pilihan yang tersedia dalam menu Mode:

• kira
  GChemCalc mencoba menebak jika simbol merupakan atom atau kelompok, PrCl dianalisis sebagai propil klorida, sedangkan PrCl3 adalah praseodymium klorida; Namun, metode ini mungkin gagal dalam beberapa kasus seperti PrPr3 yang tidak akan diakui sebagai trypropylpraseodymium, setidaknya dengan versi GChemCalc.
• atom
  Simbol ambigu ditafsirkan sebagai atom.
• julukan. Simbol ambigu ditafsirkan sebagai kelompok. Julukan kustom dapat didefinisikan dengan menggunakan aplikasi GChemPaint.

Untuk Cetak Pola Grafik isotop

Untuk mencetak pola grafik isotop, pilih File ▸ Print ....
File ▸ Preview membuka jendela dengan preview hasil cetak.
Untuk menyempurnakan hasil cetakan, setup chooseFile ▸ Page ...seperti yang dijelaskan di bawah ini.

Dialog halaman setup

Tab pertama dialog menyangkut kertas dan margin setup. Header dan footer tidak didukung dalam versi GChemCalc.

Tab kedua memungkinkan Anda untuk memilih skala output. Dengan tidak skala atau skala 100%, output akan memiliki ukuran yang sama dalam poin sebagai ukuran dalam pixel pada layar. Jika Anda memilih skala otomatis, Anda dapat membuat output mengisi ruang yang tersedia baik horisontal, vertikal, atau keduanya (tidak ada pilihan setara dengan tidak ada skala).

Mencetak lebih dari satu halaman tidak didukung dalam versi ini GChemCalc

Ekspor Pola isotop sebagai gambar.
Untuk mengekspor pola isotop ditampilkan kepada gambar, menggunakan File ▸ Save As Image.
Format yang tersedia adalah SVG, EPS, PS, PDF, dan format dengan dukungan menulis di GdkPixbuf.
Untuk memilih format, Anda dapat menggunakan ekstensi yang sesuai dalam nama file, atau secara eksplisit memilih format dalam kotak combo. Dengan metode pertama, jika GChemCalc tidak mengenali ekstensi, file yang diekspor akan menjadi file SVG. GChemCalc akan menambahkan ekstensi ke nama file jika diperlukan.
Anda mungkin mengubah lebar standar dan tinggi gambar diekspor dengan menggunakan entri yang sesuai.
Postscript dan file PDF juga dapat diproduksi dengan menggunakan File ▸ Print ... perintah.

Menyalin Pola Grafik isotop

Untuk menyalin pola grafik isotop, pilih Edit ▸ Copy dan paste di aplikasi target. Grafik akan disalin dalam grafik asli Abiword dan sebagai svg atau png data ke aplikasi lain yang mendukung format tersebut.

Demikian tutorial software Chemical Calculator semoga bermanfaat :) 

Read More

Cara Menggunakan Aplikasi Chemstool

Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah. Nah sekarang ayo kita belajar cara menggunakan aplikasi chemtool.

Untuk memulainya klik menu tools-tempaltes maka akan muncul tampilan sepserti dibawah ini. Tampilan templates-carboncycles. Pilih struktur yang Anda hendaki.

Untuk templates sugars maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan

Untuk templates heterocycles maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates amino acids maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates symbols maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Cara memilihnya mudah sekali, misal saya menginginkan struktur glukosa, maka hanya mengeklik strultur glucose yang ada di tempaltes sugars. Dan hasilnya adalah:

Selain struktur yang sudah disediakan tadi. Anda juga bisa mengambar sendiri strukur yang Anda kehendaki. Semisal ingin membuat sikloheksana, maka caranya adalah klik

Kemudian untuk memberi namanya adalah klik

Read More

Cara Menggunakan Aplikasi Qute Mol

Pada pembahasan kali ini, saya akan membahas tentang aplikasi kimia yang dapat dijalankan pada sistem operasi berbasis linux ini, salah satunya adalah aplikasi qutemol.

Qutemol merupakan salahsatu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.

Aplikasi  ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul secara luas  sehingga kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.

1. Dalam melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini  dikarena aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan .vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:
   
2. Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.
   
3. Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H2O.pdb
   
4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi qutemol.
   
5. Pada tab preset kita dapat mengatur bentuk molekul yang kita amati sesuai dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ .
   
6. Selanjutnya pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.
   
   
   
7. Pada tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul, background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
   
8. Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.
   
9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png

Terimakasih Semoga dapat bermanfaat :) 

Read More