Pada pembahasan kali ini, saya akan membahas tentang aplikasi kimia yang
dapat dijalankan pada sistem operasi berbasis linux ini, salah satunya adalah
aplikasi qutemol.
Qutemol merupakan salahsatu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk
dipelajari di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source
yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi
molekular.
Aplikasi ini menawarkan berbagai efek visual
yang inovatif sesuai dengan keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi
ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan
struktur molekul secara luas sehingga kita akan lebih mudah dalam
memahami visual molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan
aplikasi ini.
- Dalam
melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari
file .pdb
dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini dikarena aplikasi
qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan .vdb).
sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai berikut :1.
Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan memberikan
tampilan seperti pada gambar berikut:
- Klik
ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file dengan format
.pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.
- Pilih
file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini
saya akan mengguna kan file H2O.pdb
- Untuk
melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan
keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni
dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi
qutemol.
- Pada
tab preset kita dapat mengatur bentuk molekul yang kita amati sesuai dengan
keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya
adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk
molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa
contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light
Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ .
- Selanjutnya
pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan
molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.
- Pada
tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan
lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul,
background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
- Selanjutnya,
selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga dapat untuk
mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon capture
sepererti pada gambar dibawah ini.
- Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png
Terimakasih
Semoga dapat bermanfaat :)
0 komentar:
Posting Komentar