Pengertian dan Sejarah Linux

Linux (diucapkan lɪnəks atau /lɪnʊks/) adalah nama yang diberikan kepada sistem operasi komputer bertipe Unix. Linux merupakan salah satu contoh hasil pengembangan perangkat lunak bebas dan sumber terbuka utama. Seperti perangkat lunak bebas dan sumber terbuka lainnya pada umumnya, kode sumber Linux dapat dimodifikasi, digunakan dan didistribusikan kembali secara bebas oleh siapa saja.


Nama Linux merupakan kombinasi unik antara nama penciptanya dan nama sistem operasi yang menjadi targetnya (UNIX). Semuanya berawal dari sebuah sistem operasi bernama Minix. Minix dibuat oleh Profesor Andrew Tanenbaum. Minix adalah sistem operasi mirip UNIX yang bekerja pada PC. Torvald adalah salah seorang mahasiswa di Universitas Helsinki yang menggunakan Minix. Walaupun cukup bagus, ia belum menganggap Minix memadai.

Kemudian pada tahun 1991 ia membuat sistem operasi yang merupakan clone UNIX, yang diberi nama Linux. Seperti halnya Minix, Linux tidak menggunakan kode apa pun dari vendor UNIX komersial, sehingga Torvalds mendistribusikan linux di internet secara bebas dan gratis.

Pada Oktober 5 1991, Torvalds mengeposkan sistem operasinya di newsgroup comp.os.minix. Ia mengumumkan bahwa source code Linux tersedia dan meminta bantuan programmer-programmer lain untuk ikut mengembangkannya. Ketika itu Linux masih setengah matang, sistem operasi ini hanya bisa menjalankan sedikit perintah UNIX, seperti bash, gcc dan gnu-make.

Saat Linux 1.0 diluncurkan pada 1994, sistem operasi ini telah cukup stabil dan memiliki banyak feature, seperti preemptive multitasking (kemampuan untuk membagi sumber daya CPU untuk banyak aplikasi) dan symmetric multiprocessing (kemampuan untuk membagi tugas di antara banyak CPU).

Linux bahkan memiliki maskotnya sendiri yang oleh torvalds dijelaskan sebagai “seekor penguin yang menggemaskan dan ramah, yang kekenyangan setelah makan banyak ikan hering”. Pada 1996, tim pengembangan Linux yang ada diseluruh dunia mulai memberikan hasilnya. Tahun itu mereka telah membuat versi Linux untuk sejumlah versi hardware, dari Atari ST sampai Macintosh.

Perkembangan Linux

Perbedaan utama antara Linux dan sistem operasi populer lainnya terletak pada kernel Linux dan komponen-komponennya yang bebas dan terbuka. Linux bukan satu-satunya sistem operasi dalam kategori tersebut, walaupun demikian Linux adalah contoh terbaik dan terbanyak digunakan. Beberapa lisensi perangkat lunak bebas dan sumber terbuka berdasarkan prinsip-prinsip copyleft, sebuah konsep yang menganut prinsip: karya yang dihasilkan dari bagian copyleft harus juga merupakan copyleft.

Lisensi perangkat lunak bebas yang paling umum, GNU GPL, adalah sebuah bentuk copyleft, dan digunakan oleh kernel Linux dan komponen-komponen dari proyek GNU. Sistem Linux berkaitan erat dengan standar-standar POSIX, SUS, ISO dan ANSI. Akan tetapi, baru distribusi Linux-FT saja yang mendapatkan sertifikasi POSIX.

Proyek-proyek perangkat lunak bebas, walaupun dikembangkan dalam bentuk kolaborasi, sering dirilis secara terpisah. Akan tetapi, dikarenakan lisensi-lisensi perangkat lunak bebas secara eksplisit mengijinkan distribusi ulang, terdapat proyek-proyek yang bertujuan untuk mengumpulkan perangkat lunak-perangkat lunak tersebut dan menjadikannya tersedia dalam waktu bersamaan dalam suatu bentuk yang dinamakan distribusi Linux.

Distributor Linux

Sebuah distribusi Linux, yang umum disebut dengan "distro", adalah sebuah proyek yang bertujuan untuk mengatur sebuah kumpulan perangkat lunak berbasis Linux dan memfasilitasi instalasi dari sebuah sistem operasi Linux.

Terdapat banyak distribusi Linux (lebih dikenali sebagai distro) yang dibuat oleh individu, grup, atau lembaga lain. Masing-masing disertakan dengan program sistem dan program aplikasi tambahan, di samping menyertakan suatu program yang memasang keseluruhan sistem di komputer (installer program).

Inti di setiap distribusi Linux adalah kernel, koleksi program dari proyek GNU (atau proyek lain), cangkang (shell), dan aturcara utilitas seperti pustaka (libraries), kompilator, dan penyunting (editor). Kebanyakan sistem juga menyertakan aturcara dan utilitas yang bukan-GNU. Bagaimanapun, utilitas tersebut dapat dipisahkan dan sistem ala UNIX masih tersedia. Beberapa contoh adalah aturcara dan utiliti dari BSD dansistem grafik-X (X-Window System). X menyediakan antarmuka grafis (GUI) yang umum untuk Linux.

Distribusi Linux memiliki perangkat lunak sistem dan aplikasi dalam bentuk paket-paket dan perangkat lunak yang spesifik dirancang untuk instalasi dan konfigurasi sistem. Perangkat lunak tersebut juga bertanggung jawab dalam pemutakhiran paket. Sebuah Distribusi Linux bertanggung jawab atas konfigurasi bawaan, sistem keamanan dan integrasi secara umum dari paket-paket perangkat lunak sistem Linux. Beberapa contoh distribusi linux adalah RedHat, Debian, Slackware, SuSE, Mandrake, WinLinux dan lain sebagainya.

Kemampuan LINUX

1. Multiuser
2. Multiprocessor
3. Multitasking, memungkinkannya program-program berjalan bersamaan
4. Background
5. MultiThreading, dapat menciptakan subproses dengan cara efisien
6. Pembelokkan I/O, Pipe dan Filter
7. Local dan Network File System
8. Security, login dengan password, ownership, group
9. X-Window System

Read More

Molecule Shapes

 Membuat gambar (menggambar) bentuk molekul secara sesuai dengan ide sendiri sering menjadi keinginan banyak orang terutama yang berkecimpung dalam bidang yang ada kaitannya dengan kimia. Intinya menuangkan ide sesuai pemahaman. Gambar-gambar bentuk molekul di jagad maya sangat banyak sekali, tinggal ketika nama molekul ditambahi beberapa istilah seperti shape, geomteri, bentuk, struktur atau apapun yang mengarah ke bentuk molekul dijamin ketemu. Hanya saja sering itu tidak pas dengan maunya kita   . Kadang kita menghendaki mestinya begini atau begitu jadi perlu disesuaikan, tapi kalau gambar itu buatan orang lain tentu tak semudah itu kita mengubahnya. Oleh karena itu dengan sedikit trik kita dapat “sedikit” membuat gambar bentuk molekul tertentu.

Untuk membuat gambar bentuk molekul secara offline dengan menggunakan aplikasi khusus beberapa sudah dibahas di blog ini, seperti menggunakan aplikasi gratisan ChemSketch atau dengan Marvin Sketch. Atau dengan memanfaatkan simulasi kecil namun cukup powerfull seperti hasil pengembangan Phet Colorado. Dengan simulasi “Molecule and Shapes” dari Phet Colorado kita bisa tangkap yang ada dilayar dan sedikit menambahkan deskripsi dan sebagainya. Jika belum punya silakan unduh dari sini. Tapi perlu diketahui agar simulasi berjalan lancar di komputer yang kita gunakan harus terpasang (terinstall) Java Run Time. Kalau keburu pingin segera mencoba boleh mencoba cara online klik di sini. Setelah sesuai dengan keinginan bentuk molekul yang dimaksud silahkan crop dan edit seperlunya.Untuk screen capture boleh pakai aplikasi yg gartisan bertebaran tuh, tapi saya suka memakai FSCapture 

Berikut contoh sederhana hasil screen capture molekul air dengan simulasi Molecule and Shapes dari Phet Colorada.

Bagaimana cara membuatnya? Ups kita tidak membuat tapi hanya memilih-milih saja kok. Begitu simulasi terbuka kita langsung melihat model bentuk molekul, karena secara default kita berada pada Model. Untuk “Real Molecules” kita tinggal pilih molekul yang sudah dibuatkan oleh pembuat simulasi.

Pada tampilan “Model” kita bisa mencoba membuat berbagai bentuk molekul sesuai kebutuhan kita, kita dapat menambahkan ikatan menampilkan atau tidak menampilkan pasangan elektron bebas yang ada. Semua secara otomatis akan menempatkan diri pada posisi yang paling mungkin. Kita pun dapat melihatnya dari berbagai sisi karena kita dapat memutar molekul yang kita buat atau kita tampilkan. Juga dapat pula menampakkan sudut ikatan setiap molekul. Tinggal klik dan klik saja jadi. Sementara di tampilan “Real Molecules” kita tinggal pilih bentuk molekul sesuai nama senyawanya.

Menurut saya sebaiknya kita tidak membuat screen capture untuk mengajar kecuali kita akan membuat dalam bentuk teks. Saran saya sebaiknya kita download simulasi itu kemudian langsung kita gunakan saat mengajar di kelas. Dengan simulasi tadi kita bisa menunjukkan apa saja yang perlu diketahui siswa.

Read More

GDIS(Graphical Display Interface for Structures)

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

• Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
• Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
• Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
• Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
• Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
• Pola difraksi generasi dan merencanakan.
• Animasi multi-frame file.
• Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Add atoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilih Display pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda. :)

Menggunakan Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikon measurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :

Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka pada label list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.

Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation maka akan muncul tampilan berikut:

Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar..  :)

Inilah Sekilas Penjelasan mengenai tutorial aplikasi GDIS.. Semoga dapat bermanfaat untuk anda..

Terimakasih :)

Read More

Gabedit

Gabedit adalah antarmuka pengguna grafis untuk paket kimia komputasi seperti Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem.

Hal ini dapat menampilkan berbagai hasil perhitungan termasuk dukungan untuk sebagian besar format file utama molekul. The “Molekul Builder” canggih memungkinkan untuk cepat sketsa dalam molekul dan memeriksa mereka di 3D. Grafik dapat diekspor ke berbagai format, termasuk animasi.

Fitur-fitur utama

• Gabedit dapat Membuat file input untuk GAMESS (AS), GAUSSIAN, Molcas, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem.
• Gabedit grafis dapat menampilkan berbagai Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess, Q-Chem, (sebagian) ErgoSCF dan (sebagian) ADF hasil perhitungan, termasuk yang berikut
• Molecular orbital.
• Permukaan dari kerapatan elektron, potensial elektrostatik, NMR kepadatan perisai, dan properti lainnya.
• Permukaan dapat ditampilkan dalam mode jala padat, tembus dan kawat. mereka dapat colorcoded oleh properti terpisah.
• Kontur (colorcoded), Pesawat colorcoded, Dipole. XYZ sumbu dan sumbu utama molekul.
• Animasi dari mode normal sesuai dengan frekuensi getaran.
• Animasi rotasi geometri, permukaan, kontur, pesawat colorcoded, xyz dan sumbu utama molekul.
• Animasi kontur, Animasi pesawat colorcoded.
• Gabedit dapat menampilkan spektrum UV-Vis, IR dan Raman dihitung.
• Gabedit dapat menghasilkan file Povray untuk geometri (termasuk ikatan hidrogen), permukaan (termasuk permukaan colorcoded), kontur, pesawat colorcoded.
• Gabedit dapat menyimpan gambar di BMP, JPEG, PNG, PPM dan format PS.
• Gabedit otomatis dapat menghasilkan serangkaian gambar untuk animasi (getaran, konvergensi geometri, rotasi, kontur, pesawat colorcoded).
• Simulated Annealing dengan Dinamika Molekuler diimplementasikan dalam Gabedit (menggunakan Amber 99 parameter molekul mekanik).

UNTUK MENGINSTAL APLIKASI GABEDIT PADA LINUX ADA 2 CARA YAITU

Menggunakan terminal

1. ketik cd spasi/etc/apt/
2. kemudian sudo gedit sources.list
   akan muncul pasword: paswod ini adalah pasword linux anda( pasword tidak akan terlihat, maka hati-hati memasukan pasword anda)
3. jika anda ingin terhubung dengan repo unnes, ganti http: ……….co.id (yg ada pada masing-masing layar anda) dengan http://repo.unnes.ac.id/repo/(dengan cara mengganti= search kemudian replace)
4. lanjutkan dengan mengetik sudo-apt-get-update
5. ketik sudo apt insatall Gabedit
6. lalu tekan tombol enter

Menggunakan synaptic

1. klik administration
2. kemudian pilih synaptic packed manager
3. pilih science( untuk aplikasi tentang science)
4. ketikkan kata “gabedit” pada kotak searc
5. klik kanan kotak yang masih berwarna putih (mark for installation)
6. klik apply

Demikian terimakasih, semoga dapat bermanfaat :)

Read More

TUTORIAL SOFTWARE BKChem (Edit Chemical Structure and reaction)

BKChem (Edit Chemical Structures and reactions) adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.

Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul , definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).

BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset).

ChemTool, Pengkonversi Mol dan Massa Zat dari ChemPup

ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.

Ini adalah bentuk aslinya.

Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.

Read More

CARA MENGGUNAKAN JMOL

cara menggunakan aplikasi ini dalam linux adalah sebagai berikut:

·        nyambung dulu ke internet

·        install aplikasinya lewat terminal ketik sudo apt-get install jmol

·        setelah proses selesai, cek buka science, kemudian coba gunakan deh…

1. Halaman yang pertama muncul adalah sebagai berikut:
   
2. open the model kit
   
3. Tambahkan model atom dengan cara klik pada bagian atom yang akan ditambahkan
   
4. Untuk mengetahui jarak antar inti atom, dapat dipiih tool yang bergambar penggaris. kemudian klik pada dua atom yang akan diukur jaraknya.
   
5. Pilih menu display,tambahkan bonding box, kemudian untuk melihat atom dari sisi depan,atas ,kanan ataupun kiri caranya pilih menu view. dibawah ini adalah contoh penampakan dari depan.
   
6. Untuk kembali ke bentuk semula bisa pilih tool yang simbonya rumah.
7. Untuk memberi nama masing-masing atom caranya pilih menu display kemudian pilih label dan klik symbol.
   
8. Pilih menu display lagi, tambahkan axes.
   

Read More

Cara Menggunakan Chemical Calculator

Aplikasi GChemCalc adalah kalkulator sederhana untuk kimia. Mem-parsing rumus kimia untuk menghitung rumus baku, berat molekul, komposisi massa dan pola isotop. 

Untuk Mulai GChemCalc :

• Pilih "Chemical kalkulator". Mungkin terdaftar baik dalam kategori Pendidikan atau Ilmu.
• command line
• Jenis gchemcalc [rumus], lalu tekan Kembali. [Formula] singkatan formula kimia opsional

The GChemCalc Jendela mengandung unsur-unsur berikut:

• Menubar
  Menu pada menubar berisi semua perintah yang Anda butuhkan untuk bekerja dengan GChemCalc.
• Entri Formula
  Ini adalah di mana Anda dapat mengetik rumus.
• Hasil
  Tiga baris selanjutnya memberikan formula dimasukkan sebagai diurai oleh GChemCalc, rumus baku dan berat molekul.
• Buku catatan

Halaman pertama dari notebook memberikan analisis sebagai persen massa unsur formula saat ini. Halaman kedua menampilkan pola isotop. Halaman ini tersembunyi ketika formula kosong.

Memasuki rumus

Rumus dapat dimasukkan dari baris perintah, dari GChemPaint, atau langsung di entri rumus. Bila menggunakan entri rumus, ketik formula yang valid seperti dalam contoh berikut:

setelah memvalidasi, jika formula telah berhasil diurai, Pola isotop ditampilkan pada halaman kedua notebook. Anda mendapatkan:

Jika terjadi kesalahan saat parsing formula, kotak pesan akan muncul dan kursor akan pindah masuk ke posisi kesalahan.

Fitur

GChemCalc mendukung kurung dan kurung untuk setiap tingkat diberikan masing-masing cocok seperti dalam contoh berikut:

Singkatan seperti "Ph" untuk substituant fenil yang didukung.
Hal ini juga berlaku untuk singkatan seperti Pr yang mungkin mewakili baik atom praseodymium atau kelompok propil. Tiga pilihan yang tersedia dalam menu Mode:

• kira
  GChemCalc mencoba menebak jika simbol merupakan atom atau kelompok, PrCl dianalisis sebagai propil klorida, sedangkan PrCl3 adalah praseodymium klorida; Namun, metode ini mungkin gagal dalam beberapa kasus seperti PrPr3 yang tidak akan diakui sebagai trypropylpraseodymium, setidaknya dengan versi GChemCalc.
• atom
  Simbol ambigu ditafsirkan sebagai atom.
• julukan. Simbol ambigu ditafsirkan sebagai kelompok. Julukan kustom dapat didefinisikan dengan menggunakan aplikasi GChemPaint.

Untuk Cetak Pola Grafik isotop

Untuk mencetak pola grafik isotop, pilih File ▸ Print ....
File ▸ Preview membuka jendela dengan preview hasil cetak.
Untuk menyempurnakan hasil cetakan, setup chooseFile ▸ Page ...seperti yang dijelaskan di bawah ini.

Dialog halaman setup

Tab pertama dialog menyangkut kertas dan margin setup. Header dan footer tidak didukung dalam versi GChemCalc.

Tab kedua memungkinkan Anda untuk memilih skala output. Dengan tidak skala atau skala 100%, output akan memiliki ukuran yang sama dalam poin sebagai ukuran dalam pixel pada layar. Jika Anda memilih skala otomatis, Anda dapat membuat output mengisi ruang yang tersedia baik horisontal, vertikal, atau keduanya (tidak ada pilihan setara dengan tidak ada skala).

Mencetak lebih dari satu halaman tidak didukung dalam versi ini GChemCalc

Ekspor Pola isotop sebagai gambar.
Untuk mengekspor pola isotop ditampilkan kepada gambar, menggunakan File ▸ Save As Image.
Format yang tersedia adalah SVG, EPS, PS, PDF, dan format dengan dukungan menulis di GdkPixbuf.
Untuk memilih format, Anda dapat menggunakan ekstensi yang sesuai dalam nama file, atau secara eksplisit memilih format dalam kotak combo. Dengan metode pertama, jika GChemCalc tidak mengenali ekstensi, file yang diekspor akan menjadi file SVG. GChemCalc akan menambahkan ekstensi ke nama file jika diperlukan.
Anda mungkin mengubah lebar standar dan tinggi gambar diekspor dengan menggunakan entri yang sesuai.
Postscript dan file PDF juga dapat diproduksi dengan menggunakan File ▸ Print ... perintah.

Menyalin Pola Grafik isotop

Untuk menyalin pola grafik isotop, pilih Edit ▸ Copy dan paste di aplikasi target. Grafik akan disalin dalam grafik asli Abiword dan sebagai svg atau png data ke aplikasi lain yang mendukung format tersebut.

Demikian tutorial software Chemical Calculator semoga bermanfaat :) 

Read More